李时珍的故事有雨湖传说、死人诊活、巧用炼金术等，其中雨湖传说与他出生有关，相传李时珍出生那年，他的父亲在湖边打鱼，得石头雨湖神提醒后回到家中，而李时珍刚好落地，于是起名为石珍。

相传李时珍出生那年，他的父亲在湖边打鱼，几次落网都一无所获，最后一网拉起来感觉沉甸甸，欣喜若狂，打捞上岸来却是一块石头，但是石头却是一个雨湖神，他赶忙回到家中，李时珍刚好落地，于是起名为“石珍”。

一日李时珍和徒弟来到湖口，正见一群人抬着棺材送葬，而棺材里面直往外流血，李时珍连忙查看，发现流出的血并不是鲜血，而是淤血，于是征得主人同意后，开棺诊治，妇女便醒了并顺利的产下了一个婴儿。

嘉靖皇帝迷信仙道，方士看准皇帝的心思，便想要炼制不死仙丹博取皇帝的开心，李时珍知道仙丹多为水银、铅、丹砂、硫磺等有毒物质炼制而成，于是他坚决反对服用仙丹，利用炼金术烧制外用药物，将此记载在《本草纲目》中。