东晋首都是建康，即现今的南京。东晋是由西晋皇族司马睿南迁后建立起来的王朝。永嘉元年八王之乱后，司马睿听从王导建议迁镇到建康，以“镇之以静，群情自安”政策稳定政权。建兴五年(317年)西晋灭亡，司马睿在建康重建晋廷，为晋元帝，史称东晋。

东晋咸和年间，在吴昭明宫、苑城的旧址新建宫城，称建康宫(东晋至南朝京师建康的皇宫)，又称台城。

东晋是门阀士族政治，与北方的五胡十六国并存，这一历史时期又称东晋十六国。东晋与之前的孙吴以及其后的宋、齐、梁、陈，合称为六朝。