辣椒起源于美索亚美利加，考古学家最初在美索亚美利加发现一年生辣椒，包括番椒、甜椒、墨西哥胡椒等种类，说明早在公元前5000年美索亚美利加人(玛雅人)就开始吃辣椒了。

美索亚美利加，又译为美索美洲，指的是中部美洲，包括墨西哥、危地马拉、萨尔瓦多、洪都拉斯、伯利兹这些现代国家在内的区域。

据考古学家估计，早在公元前7000年，辣椒就已经在美索亚美利加生长，所以可以说其是人类种植的最古老的农作物之一。

哥伦布发现美洲后，将辣椒逐渐传向世界，不过一开始，哥伦布把辣椒与印度发现的胡椒混淆了，将其认为是一种香料，后来才作为调味料使用。