三峡淹没的水下城市有：巫峡镇、沙河镇、永安镇、汉丰镇、名山镇、归州镇、高阳镇、信陵镇，云阳镇，万州区、涪陵区、忠县忠州镇、城关镇。这些城市中，有被全部淹没的，也有部分淹没的。

重庆的万州区和涪陵区，以及忠州镇和城关镇是被三峡部分淹没的，重庆云阳镇是大部分被三峡淹没，其他地区是被三峡全部淹没。

在修建三峡大坝中被淹没的地区，统称为三峡库区，三峡库区的面积是7.9万平方千米，淹没了1.94万公顷的田地。

被淹没地区的共产生了117.15万人的移居，安置移居民众的问题，是三峡水库在建造工程要解决的头等任务。