祁连县平均海拔3169米。祁连县隶属青海省海北藏族自治州，因地处祁连山中段腹地而得名，北邻古丝绸之路的首要通道甘肃河西走廊，故有青海“北大门”之称。

祁连是青海省重要的资源富集地区。矿产资源多样，号称“中国的乌拉尔”，是全省资源开发的重点县。

祁连县的年平均气温在1℃左右，年降水量大约在420毫米之间，属于典型的高原大陆性气候。

祁连境内共有大通河水系的默勒河和祁连山内陆水系的黑河两大流域，共有大小支流247条，总集水面积1.31万平方公里。