南京南站可以站内换乘，下车后从站台能直达候车室。一般来说，会在乘坐第一趟车之前就提前取好两趟列车的车票，第一趟列车到达后乘坐直梯或者直接走楼梯往上，就是换乘通道，凭两趟列车车票进入候车大厅即可换乘。

同台换乘：同站台换乘是最便捷的换乘方式。乘客下车后在同一站台等候另一条路线列车抵站，即可转车。

节点换乘：适用于十字型线路和T字型线路，施工时在通道连接部分做成一体化设计。换乘时要求乘客下车后利用楼梯或电动扶梯，到达位于另一楼层的站台转车。

通道换乘：常见于两站台间相距较远的车站。乘客下车后需经过专用通道，步行一段距离，到达另一条路线的站台转车，通常都需要在中途转换楼层。