民族问题产生的自然因素主要是指各个民族之间由于民族结构(经济结构、文化结构、体制结构等)的不同而存在着巨大的个体的差异，进而导致民族问题的产生。还有另外一种情况，即民族间由于自然的差异特别是由于生活方式不同而造成的摩擦和冲突。

从自然属性考察，民族是一个客观的社会存在，构成社会机体的独特细胞。每个民族都是具有自己独特属性和独立结构的事物，当不同个体并列在一起时，即显现出差异。

不同民族的生活方式需要协调，长期形成的生活方式具有极大的稳定性，并寄托着民族的某种精神或感情。但轻易改变生活方式会引起抵制和矛盾，从而产生民族问题。