南京太仆寺在滁州，是由于滁州草木丰美，适宜养马，老百姓敦厚质朴，与南京一江之隔，江淮各州县马匹来此地验查，可以就近征用方便易行，因此1373年，朱元璋下诏在滁州设立管理全国马政的中央机构——太仆寺。

太仆寺是中国古代朝廷的中央机构之一，秦、汉九卿中有太仆，为掌车马之官。唐代为九寺之一。

明掌牧马之政令，属兵部，并于滁州设立南京太仆寺，清代因之，皇帝出巡，扈从车马杂物皆为总管。

太仆寺一般设有：卿一人，从三品，少卿二人，从四品上，丞四人，从六品上，主簿二人，从七品上，录事二人。