粮豆类食品的主要卫生问题包括了霉菌与霉菌毒素的污染、农药的残留、有毒有害物质的污染还有仓储害虫、杂物及掺伪，包含了掩盖霉变、增白或是掺杂掺假以低质量食物冒充高质量的食物。

影响着粮豆类食品质量变化的主要因素有水分、温度、地理位置、氧气还有仓库的结构等。

粮豆的表面常常会有真菌、细菌的污染，常见的细菌有马铃薯杆菌、乳酸杆菌、大肠杆菌还有谷草杆菌等。

粮豆类食品的农药残留可能来自于防治病虫害与除草时直接使用的农药，粮豆类食品有可能会通过水、土壤与空气的途径将污染的农药吸收。