定义不同。分批装运是指一个合同项下的货物先后分若干期或若干次装运。转运是指从装运港至卸货港或目的地的货运过程中进行转装或重装，包括从一运输工具或船只移至另一同类运输方式的运输工具或船只，或由一种运输方式转为另一种运输方式的行为。

规定不同。规定允许分批装运的方法主要有两种：一是只有原则规定允许分批装运，对于分批的时间、批次和数量均不作规定。二是在规定分批装运条款时具体列名分批的期限和数量。

监管规定：运输工具负责人或其代理人在向海关申报转运货物时，必须持有通运或联运提运单据，并在运输工具载货清单或运单上已注明为转运货物。