一般建议放保鲜保存。如果放在冷冻中，干燕窝本身就含有一部分水分，硬度比较大，放在冰冻中水分会发生凝固，从而导致干燕窝的硬度更高，泡发的时间会变长，而且干燕窝被冷冻后其营养物质会有所影响，燕窝的口感也会大打折扣。

干燕窝：常温干燥保存。干燕窝用保鲜盒或者保鲜袋密封密封装好后可放到冰箱的冷藏室保存。

干燕窝也可以放在通风、阴凉、无潮的地方保存。若因处理失当而发现燕窝有轻微发霉，可用牙刷加少许水分擦净，将之风干即可。

湿燕窝：放冷藏室保存，冷藏室的温度为0至8摄氏度，这样的温度已经很适合燕窝的保存了，而冷冻室中的温度过低，会影响燕窝的质量。