自制青梅酒因为没有经过专业的消毒处理，容易产生细菌以及霉菌物质，长期饮用会损坏人体健康，若是瓶口没有密封好以及容器选择不当，在高温的环境下会出现甲醛超标的现象，另外在容器装满的情况下容易出现爆炸的现象。

自制青梅酒在制作的过程中没有加入消毒灭菌的辅料，在设备上也很难达到工厂消毒的条件，因此容易出现霉菌以及各种病菌，而潮湿的环境适合细菌繁殖生长，进而会影响青梅酒的产量，因此长期饮用细菌过多的青霉菌会损害人体健康。

自制的青梅酒还会出现甲醛超标的现象，若是瓶口密封不当以及选择的容器不当，在高温的环境下，原材料会进行分解产生有毒物质，尤其是一次性塑料材质的容器，不宜用来制作青梅酒，一旦甲醛浓度超过0.2%，会危害人体健康。

青梅酒制作过程中若是储存不当还会出现爆炸的现象，有的人喜欢将容器全部装满，甚至使用塑料瓶发酵青梅，青梅酒在发酵的过程中会产生气体以及酒精，当容器中没有多余的空间时，便容易出现爆炸的现象。