2012年7月17日，意大利考古学家日前声称找到了疑似修女丽莎?盖拉尔迪尼的遗骨。对《蒙娜丽莎》原型的身份，各界众说纷纭，不过丽莎?盖拉尔迪尼即为“蒙娜丽莎”的说法得到普遍认同。
最近的研究表明，2012年公开亮相的画作《艾尔沃斯·蒙娜丽莎》同样出自达·芬奇，而且其创作时间远远早于《蒙娜丽莎》。被认为是年轻版《蒙娜丽莎 》。
近日，美国画家罗恩·皮西尼罗宣称“破解了一个隐藏500年的秘密”，在达芬奇的名画《蒙娜丽莎》人物肖像的背景中，隐藏着狮子、猿猴和水牛，以及一只可能是蛇或者鳄鱼的动物的肖像系列。根据达芬奇笔记中“要让她的心脏仿佛被一只大蛇所噬咬”等表述，以及蒙娜丽莎手的姿势等细节，罗恩赋予这幅画作主题一个新的阐释：嫉妒。这一观点再次引起了艺术界对于这幅传世经典画作的关注与讨论。
一直以来，达芬奇的这幅作品不仅仅因为其艺术成就而在国内外享有盛誉，还因为画作中很多细节对人们来说都是“谜一样的存在”而引人关注。比如，画中人物梦幻般的微笑，因其若有若无，时而哀伤忧郁，时而恬静温柔，被认为是“神秘的微笑”而被各方研究。
1993年，加拿大美术史家苏珊·吉鲁得出了“微笑的嘴唇”是一个男子脊背线条的结论，认为这反映出了画家对人体壮美力量的呼唤。2000年，哈佛大学神经科专家指出，人们视觉系统的工作机理，带来了对于微笑的不同感受。2005年，卢浮宫公布了荷兰一所大学用“情感识别软件”分析得出的人物表情成分比例：高兴83%，厌恶9%，恐惧6%，愤怒2%。2009年，西班牙科学家通过神经学和光学分析，认为微笑的差异是视觉误差所致。人们对此的研究一直在继续，莫衷一是，并且有各种奇异怪诞的解释。比如，还有研究认为她没有门牙，所以笑不露齿，或者认为她有孕在身，因体悟生命的神秘而笑。
此外，关于画作中符号及其象征的意义，也是人们探索的问题之一。意大利国家文化遗产委员会去年宣称，人物的右眼球上隐藏着黑色字母“LV”，是列奥纳多·达芬奇姓名首字母的缩写，但左眼的字母尚未探查清楚。画中拱桥上的72被认为可能是年份1472，或者是和用数字命理解读《圣经》内容的“卡巴拉”有关，后者是一个探索造物主与宇宙奥秘之间关系的犹太经典。画中人物左侧更为突出的表现方式，被解读为画家对女性的崇拜。1503年，达芬奇开始对此画的创作，但是至今蒙娜丽莎的微笑之谜仍是一个难解的“达芬奇密码”。
