关于华佗怎么死的历史上有两种说法，第一种说是华佗不肯为曹操治病，借口在家被曹操发现，抓回来在狱中拷打至死。另一种说法是，华佗要开刀处理曹操的头疼症状，曹操多疑觉得华佗要害他，便投狱拷打至死。

华佗以医术为业，心中常感懊悔，中国封建社会中医生属于“方技”，被视为“贱业”。后来曹操亲自处理国事，得病(头风)沉重，让华佗专门为他治疗。华佗说：“这病在短期之内很难治好，即便是长期治疗也只能延长寿命。”华佗因为离开家太久想回去，于是说：“收到一封家书，暂时回去一趟。”

到家之后，就说妻子病了，多次请求延长假期而不返。之后曹操三番五次写信让华佗回来，又下诏令郡县征发遣送，华佗自持有才能，厌恶为人役使以求食，仍然不上路。曹操很生气，便派人去查看。如果他妻子真的病了，便赐小豆四千升，放宽假期期限，如果欺骗，就逮捕押送。

结果华佗撒谎，于是用传车把华佗递解交付许昌监狱，经审讯验实，华佗供认服罪。荀彧向曹操求情说：“华佗的医术确实高明，关系着人的生命，应该包涵宽容他。”曹操说：“不用担忧，天下就没有这种无能鼠辈吗?”所以华佗怎么死的呢，就是在狱中拷问致死的。

华佗由于治学得法，医术迅速提高，名震远近。正当华佗热心在民间奉献自己的精湛医术时，崛起于中原动乱中的曹操，闻而相召。原来曹操早年得了一种头风病，中年以后，日益严重。每发，心乱目眩，头痛难忍。诸医施治，疗效甚微。华佗应召前来诊视后，在曹操胸椎部的鬲俞穴进针，片刻便脑清目明，疼痛立止。

曹操十分高兴。但华佗却如实相告：“您的病，乃脑部痼疾，近期难于根除，须长期攻治，逐步缓解，以求延长寿命。”曹操听后，以为华佗故弄玄虚，因而心中不悦，只是未形于色。他不仅留华佗于府中，还允许他为百姓治病。

《三国演义》中曹操让曾经为周泰疗伤的名医华佗来给他治疗多年的头痛，但华佗认为曹操的病因需要劈开头颅，加以麻沸散麻醉，动大手术，多疑的曹操认为华佗想趁机杀害他，便以刺杀的罪行将华佗关押拷打致死。华佗临死前，拿出一卷医书给狱吏，说：“这书可以用来救活人。”狱吏害怕触犯法律不敢接受，华佗只好忍痛，讨取火来把书烧掉了。